Embora a causa exata da enxaqueca seja desconhecida, acredita-se que fatores ambientais e genéticos desempenham um papel na doença.
Mutações em genes específicos estão associadas a alguns tipos de enxaqueca, como no caso da enxaqueca hemiplégica familiar. No entanto, a maioria dos tipos de enxaqueca é provavelmente poligênica, o que significa que é causada por variações em vários genes.
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